Me shkrirjen e akujve të Luftës së Ftohtë fundi i viteve 80-të, si dhe me dështimin e përpjekjeve për reformimin e Jugosllavisë së asaj kohe, filloi dhe tendenca e shpërbërjes së kësaj të fundit.

Republika e Kroacisë shpalli pavarësinë e saj më 25 qershor 1991, pavarësisht se një pjesë e territorit të saj ishte e pushtuar nga ushtria serbe. Menjëherë pas shpalljes së pavarësisë, Kroacia filloi përpjekjet për njohjen e saj ndërkombëtare si shtet i pavarur. Në këtë kuadër ajo filloi të nxiste edhe interesat ekonomike të shteteve kryesisht fqinje ndaj saj.

Në 13 korrik të vitit 1991 mbërriti në Shqipëri një delegacion qeveritar kroat i kryesuar nga zv.Kryeministri dhe zëvendësministri i.MPJ. Kjo ishte vizita e parë që një delegacion kroat bënte pas shpalljes së pavarësisë. Në takimet e zhvilluara në Tiranë u diskutua mbi mundësitë e bashkëpunimit ekonomik dhe teknik midis dy vendeve. Aty u përmend edhe kontributi i komunitetit shqiptar në Kroaci për zhvillimin e këtij bashkëpunimi. Pala kroate dorëzoi edhe tekstin e një marrëveshjeje mbi bashkëpunimin ekonomik midis dy vendeve e cila pasi u diskutua nga qeveria shqiptare u nënshkrua në fund të korrikut 1991.

Në 11 dhjetor 1991, Presidenti kroat Franjo Tugjman i dërgoi një letër zyrtare Presidentit të Republikës së Shqipërisë së asaj kohe, Ramiz Alia. Tashmë Shqipëria ishte anëtare e KSBE dhe kishte vendosur marrëdhënie diplomatike me Komunitetin Evropian. Në letër Presidenti Tugjman shprehte dëshirën që Shqipëria t’i bashkohej grupit të parë të vendeve që po përgatiteshin për të njohur Republikën e Kroacisë.

Në 15 janar 1992 përfundoi njohja e Republikës së Kroacisë nga të gjitha vendet anëtare të Komunitetit Evropian. Pesë dite më pas, më 20 janar 1992 qeveria shqiptare miraton deklaratën për njohjen e pavarësisë së Kroacisë. Në Deklaratë bëhej thirrje që Republika e Kroacisë të njihte Republikën e pavarur dhe sovrane të Kosovës të shpallur nga kuvendi i saj i ligjshëm. Më 24 janar 1992 kjo deklaratë iu transmetua Komisionit të Komunitetit Evropian në Bruksel dhe në fillim të shkurtit 1992 Misioni shqiptar në New York e qarkulloi këtë Deklaratë si dokument në Këshillin e Sigurimit të OKB-së.

Më 23 mars 1992 MPJ e Republikës së Kroacisë i propozoi zyrtarisht ministrisë tonë të jashtme që me shkëmbim notash të vendoseshin marrëdhëniet diplomatike midis dy vendeve. Për shkak të zhvillimeve politike në Shqipëri kërkesa nuk mori përgjigje. Pala kroate e përsëriti kërkesën e saj më 27 korrik 1992 tashmë për qeverinë e re demokratike. Përgjigja e palës shqiptare ishte nota që ministria jonë e jashtme i dërgon MPJ-së kroate më 25 gusht 1992 ku e njoftonte që qeveria shqiptare kishte miratuar vendosjen e marrëdhënieve diplomatike me Republikën e Kroacisë në nivel ambasadorësh. Kjo shënoi edhe datën e vendosjes së marrëdhënieve diplomatike midis dy vendeve.

Ky moment përbën datë shumë të rëndësishme historike në marrëdhënien 30 vjeçare midis dy vendeve.